Tisdagen den 8 juli 2014.- Ett team av forskare från Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR) har deltagit i en internationell undersökning som har identifierat 518 nya mikrobakterier, helt okända tills nu, i den mänskliga mikrobiota (tarmflora).
Forskningen, där forskare har använt en ny strategi för bioinformatisk analys, har också utökat katalogen över kända mikrobiella gener, från 3 till 10 miljoner.
Resultaten av denna forskning, som publicerades på söndag av tidskriften Nature Biotechnology, är en del av det europeiska MetaHIT-projektet (Metagenomics Human Intestinal Tract), försett med 11, 4 miljoner euro för att undersöka hur det mänskliga mikrobiomet relaterar till hälsa och sjukdom. . Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR) är en av 13 som deltar i detta projekt - och det enda spanska centret - under ledning av Dr. Francisco Guarner, som förklarade att inte alla prover som studerats har detta antal okända arter.
Proverna av tarmfloraen hos vissa individer har mycket få av dessa arter och har, när de analyserats i detalj, sett att de är proverna från patienter med Crohns sjukdom. "Detta antyder att dessa hittills okända arter är möjligen de som gör skillnaden mellan friska människors mikrobiota och sjuka, " meddelade Guarner.
Enligt forskaren öppnar dessa data strategier för att försöka återfå dessa arter med näringsämnen: administrering av fibrer, prebiotika som hjälper till att selektivt växa vissa arter eller probiotika.
Dessa okända bakterier är förmodligen av de så kallade "goda bakterierna" eftersom de inte är de typiska som orsakar en infektion, och inte heller är de kända eller isolerade tidigare. Enligt Guarner kan de upptäckta bakterierna inte isoleras eftersom "nästan säkert skulle de inte överleva utanför kolon för att transplanteras."
Personen som ansvarar för arbetet och forskaren för VHIR Group of Physiology and Digestive Pathophysiology har angett att de nya upptäckta arterna "inte är odlingsbara, är mycket känsliga för syre, det vill säga att de är mycket stränga anaerober och skapar ett stort beroende av deras miljö för att kunna överleva. " "Av samma anledning, när vi gick till databaserna, hittade vi inte ett spår och hittills visste vi ingenting om dem, " sa Guarner.
Upptäckten har varit möjlig tack vare ett nytt tillvägagångssätt för bioinformatisk analys som gjorde det möjligt för dessa arter att "ytta".
"För närvarande - enligt Guarner - är bara 10% av det sekvenserade genetiska materialet känt med 95% tillförlitlighet. Detta lämnar ett enormt grått område som arbetas med just nu."
Studien har upptäckt 741 olika metagenomiska arter, namngivna för omöjligt att tilldela dem ett namn. I kontrast till databaserna har forskare sett att 115 av dessa arter redan var kända, medan 518 är okända; de återstående 108 är delvis kända.
"Nu vet vi hur genomet av dessa metagenomiska arter ser ut men inte deras namn och efternamn, " förklarade Guarner.
Det finns ett litet antal vars art inte är känt, men deras kön eller familjen till vilken de tillhör, och cirka 200 metagenomiska arter av de beskrivna kan inte klassificeras på något sätt, eftersom mer än 80% av deras gener är helt okända för idag.
Enligt forskare är mikroorganismerna som lever i människor cirka 100 miljarder, tio gånger mer än det totala antalet mänskliga celler.
De första resultaten från samma projekt 2010 pekade på 3 300 000 olika gener, översatta till 20 000 olika funktioner, varav 5 000 var helt okända hittills.
Varje person har cirka 600 000 av dessa mikrobiella gener och 300 000 upprepas ständigt bland alla individer. "I den nya studien multipliceras antalet med tre och 9 879 866 olika gener uppnås, " sade Guarner.
Källa:
Taggar:
Annorlunda Cut-And-Barn Sexualitet
Forskningen, där forskare har använt en ny strategi för bioinformatisk analys, har också utökat katalogen över kända mikrobiella gener, från 3 till 10 miljoner.
Resultaten av denna forskning, som publicerades på söndag av tidskriften Nature Biotechnology, är en del av det europeiska MetaHIT-projektet (Metagenomics Human Intestinal Tract), försett med 11, 4 miljoner euro för att undersöka hur det mänskliga mikrobiomet relaterar till hälsa och sjukdom. . Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR) är en av 13 som deltar i detta projekt - och det enda spanska centret - under ledning av Dr. Francisco Guarner, som förklarade att inte alla prover som studerats har detta antal okända arter.
Proverna av tarmfloraen hos vissa individer har mycket få av dessa arter och har, när de analyserats i detalj, sett att de är proverna från patienter med Crohns sjukdom. "Detta antyder att dessa hittills okända arter är möjligen de som gör skillnaden mellan friska människors mikrobiota och sjuka, " meddelade Guarner.
"Bra bakterier"
Enligt forskaren öppnar dessa data strategier för att försöka återfå dessa arter med näringsämnen: administrering av fibrer, prebiotika som hjälper till att selektivt växa vissa arter eller probiotika.
Dessa okända bakterier är förmodligen av de så kallade "goda bakterierna" eftersom de inte är de typiska som orsakar en infektion, och inte heller är de kända eller isolerade tidigare. Enligt Guarner kan de upptäckta bakterierna inte isoleras eftersom "nästan säkert skulle de inte överleva utanför kolon för att transplanteras."
Personen som ansvarar för arbetet och forskaren för VHIR Group of Physiology and Digestive Pathophysiology har angett att de nya upptäckta arterna "inte är odlingsbara, är mycket känsliga för syre, det vill säga att de är mycket stränga anaerober och skapar ett stort beroende av deras miljö för att kunna överleva. " "Av samma anledning, när vi gick till databaserna, hittade vi inte ett spår och hittills visste vi ingenting om dem, " sa Guarner.
Olika metagenomiska arter
Upptäckten har varit möjlig tack vare ett nytt tillvägagångssätt för bioinformatisk analys som gjorde det möjligt för dessa arter att "ytta".
"För närvarande - enligt Guarner - är bara 10% av det sekvenserade genetiska materialet känt med 95% tillförlitlighet. Detta lämnar ett enormt grått område som arbetas med just nu."
Studien har upptäckt 741 olika metagenomiska arter, namngivna för omöjligt att tilldela dem ett namn. I kontrast till databaserna har forskare sett att 115 av dessa arter redan var kända, medan 518 är okända; de återstående 108 är delvis kända.
"Nu vet vi hur genomet av dessa metagenomiska arter ser ut men inte deras namn och efternamn, " förklarade Guarner.
Det finns ett litet antal vars art inte är känt, men deras kön eller familjen till vilken de tillhör, och cirka 200 metagenomiska arter av de beskrivna kan inte klassificeras på något sätt, eftersom mer än 80% av deras gener är helt okända för idag.
En person har 600 000 mikrobiella gener
Enligt forskare är mikroorganismerna som lever i människor cirka 100 miljarder, tio gånger mer än det totala antalet mänskliga celler.
De första resultaten från samma projekt 2010 pekade på 3 300 000 olika gener, översatta till 20 000 olika funktioner, varav 5 000 var helt okända hittills.
Varje person har cirka 600 000 av dessa mikrobiella gener och 300 000 upprepas ständigt bland alla individer. "I den nya studien multipliceras antalet med tre och 9 879 866 olika gener uppnås, " sade Guarner.
Källa:
